下场参与争霸的战乱时代一直持续到16世纪。进入十七世纪，终于由德川幕府形成的中央政权将整个东洋置于掌控之下，战乱结束，进入了政治稳定的时代。
在直到十六世纪整个东洋都处于政权割据的状况下，以这些权力为后盾的各佛教宗派也处于争权夺利的竞争关系。
然而到了江户时代，德川幕府一家独大，所有佛教宗派都被悉数收归到了幕府麾下，江户时代从十七世纪初期到十九世纪后半叶，持续了250年，在此期间，佛教保持了一种极度稳定的状况。
纵观江户时代的佛教，江户幕府并没有试图统一东洋佛教界的打算，而是考虑如何利用现存的复杂多样的佛教世界来助力政权运营，幕府的基本方针可以总结为以下几点：
一，对所有宗派都给予一定的经济利益和宗教权威，以此抑制佛教界的不满，令其服从幕府。
二，把遍布东洋全国的无数佛寺作为幕府的行政机构加以利用，以个人或家庭为单位对国民进行统一管理。
三，把佛教当作宗教领域的防波堤，用以阻止基督教，因为幕府认为基督教是企图侵略东洋的西方列强的先遣部队。
幕府的这些方针显然符合佛教界的利益，从而得到积极响应，其结果就是江户时代的佛教界没有出现过巨大的纷争，大家都遵循幕府的旨意操持业务，维持着稳定的发展。
佛教在江户时代与幕府共生的关系中产生了一些重要制度一直延续至今。
一，本山末制度。
根据幕府的意向，在佛教各宗派内给寺庙定级，设定分级指挥命令体系，现在东洋各宗派内常见的以‘本山’为顶点的金字塔结构就始于此时。
这么一来，幕府对佛教的管理就极为轻松。
在印度，佛陀创立的原始佛教中，所有僧伽都处于平等地位，并未设定上下级关系。但是东洋佛教因江户时代新制度的确立，对所有寺庙都进行了严格定级，寺庙所属的僧人也有了个人的身份定级，佛教界内部新的身份歧视结构逐渐固定下来。
二，檀家制度。
制定所有国民必须以家庭为单位，成为某个寺庙檀家（成员）的制度，由此幕府对国民的动向做到了极其细致的程度，细致到个人层面上的完全把控和管理，出
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