罪责难逃，但被明蓟辽总督：王象乾，推荐保他一命，请封为「中军都督府都督佥书」。
这是由于明中军都督府都督佥书：王世忠，之妹嫁给了漠南蒙古察哈尔胡图克图汗：孛儿只斤·林丹汗巴图尔（虎墩兔）所以明宣府总镇巡抚：王之臣，就利用明中军都督府都督佥书与漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗的姻亲关系，打算将其调往万全都指挥使司宣府镇，用以结交漠南蒙古察哈尔部。
眼下更是成为了明辽东总镇经略的得力助手，因此又晋封为「中军都督府左都督」。
至于明辽东总镇监军：方震孺，他之前在朝就以（初生牛犊不怕虎）的姿态上奏称；当今陛下乃是个傀儡？言外之意就是指［明司礼监掌印太监：魏忠贤，干政］这点非常符合明辽东总镇经略的品味。
毕竟他早就痛恨阉党了，更何况孙总镇经略与他都是东林党门人，因此打算保释他，怎奈却明司礼监掌印太监先下手为强，直接指使阉党明刑部员外郎：徐大化，诬告明辽东总镇监军：方震孺［攘差］。
朝中的东林党队友，明吏部左侍郎：邹元标，为之力争，但明熹宗本来就是靠魏公公下令征收江南税负充实国库的，因此皇帝陛下是不会轻易动阉党的。
也正是因为阉党权势熏天，朝廷才没有道理可言，最终；方震孺、邹元标，皆被罢官，方震孺还以莫须有的贪污罪下了刑部大牢。
而废将明抚夷总兵：李秉诚（由于从浑河之战多次战败，故此不授其驻守任何卫所）准其戴罪立功、明广宁右屯卫副总兵：杜应魁，（被查贪污罪？）但不多可以戴罪立功，明广宁中屯卫左参将：贾祥，是在护送前任辽东总镇经略：熊廷弼、前任辽东总镇巡抚：王化贞，入山海卫关内时负责阻击后金追兵的有功可重用。
随后明辽东总镇经略就出发前往山海卫关外，巡行边塞，由明广宁前屯卫兵备道佥事：袁崇焕，就向明辽东总镇经略请示道“在宁远卫驻扎五千兵力，以壮十三山驿的声势，然后在派遣将领们带兵去救援十三山驿，而宁远卫距离十三山驿只有两百里地，可以轻易占据广宁中屯卫，如果不行再退守宁远卫，不可放弃十万难民！”
于是明辽东总镇经略就与明蓟辽总督：
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