6月10日，新任的明贵州总镇巡抚：王三善，率军1万进驻平越卫等待各地援军。
7月12日，贵州宣慰使司贵阳府彻底被围，四处发布告急文书，明清浪卫副总兵：徐时逢、明平溪卫左参将：范仲仁，率兵救援，与水西叛贼首领：安邦彦，相持于新添卫瓮城河中。
不久断粮，明平溪卫左参将率先带领六千精兵撤退，被水西叛军们追击，明军尽溃。
导致贵州宣慰使司贵阳府境内援绝粮断，其中新贵县贵竹长官使司、平伐长官使司、中曹白纳等处长官使司、水东长官使司，通往贵阳府的物资均被水西叛军们给切断。
7月21日，山东承宣布政使司登莱两府明军出动，先后收复了兖州府郓城县、巨野县等地，叛贼白莲教教主兼中兴福烈帝：徐鸿儒，在形势不利的条件下，仍选择固守兖州府邹县、滕县，与明军抗衡。
朝廷方面还调集了山东都指挥使司即墨营、北直隶保定府大宁都指挥使司的大量明军，围剿白莲教于滕县之中。
8月16日，待兵粮准备充足后，明熹宗才下诏以明太子太保兼辽东总镇经略：孙承宗，总督山海卫以及蓟州镇（蓟州和蓟州卫）、辽东都指挥使司各卫所、天津三卫、登州卫（登州府、莱州卫（莱州府）诸处军务便宜行事。
又让明通政使司左通政兼都察院右佥都御史：袁可立，负责继任［登莱巡抚］职位，赐尚方宝剑，以配合帝师收复辽东都指挥使司地盘。
并设下宴席送阁臣明登莱巡抚：袁可立、明辽东总镇经略：孙承宗，一起出京师内城崇文门。
临行前明辽东总镇经略还上奏弹劾前任辽东总镇经略：熊廷弼、明兵科给事中：明时举、明都察院四川道监察御史：李达、明辽东总镇监军：方震孺、明登莱两府监军：梁之垣、明蓟州镇兵备道副使：邵可立，等人。
但部分处分将领，由于才华横溢所以准许其将功补过。
如；明广宁卫指挥佥事：王世忠（纳拉·克把库），他是原海西女真哈达部贝勒：纳拉·孟格布禄，次子，在哈达女真部灭亡后，悄悄潜入大明帝国谋求恢复故地，被朝廷封为广宁卫游击将军，后因击退多次漠南蒙古守边有功升至（卫指挥佥事）此次广宁卫等地丢失他也
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