秦国废除了旧的制度，创立了适应社会经济发展的新制度。改革推动了秦国社会的进步，促进了经济的发展，同时壮大了国力，实现了富国强兵。为以后秦统一全国奠定了基础，对中国历史的发展起到了重要的作用。
然而，任何改革都不可能尽善尽美。在商鞅变法中，轻视教化，鼓吹轻罪重罚，在一定程度上加重了广大人民所受的剥削与压迫，给广大人民带来了一定的痛苦。并且，它并未与旧的制度、文化、习俗彻底划清界限，“内行刀锯，外用甲兵”、迷信暴力而轻视教化等思想，也有其明显的历史局限。
改革必然要触及既得利益，必然会遭到方方面面的反对。历史上，任何一次变法维新，都不仅是一种治国方略的重新选择，而且是一种利益关系的重新调整。这便是改革会遭到阻力的真正原因。
公元前338年，秦孝公去世，秦惠文王继位。变法侵犯了贵族们的利益，遭到了他们的强烈反对。商鞅失去了变法的强有力支持者，有口难辩，只得逃亡。最后，商鞅在秦军追捕中毙命，只落得个“车裂”的下场。但变法却因符合历史发展的趋势，得以继续实行下去，为秦国的统一大业提供了坚实的保障。