善长的长子李祺及两个儿子，因为临安公主的缘故，得以免死，流徙江浦。
然而胡惟庸的独断专行，使相权与皇权的冲突更为明朗化了。与此同时，朱元璋又策划陆仲亨的家奴告发陆仲亨与唐胜宗、费聚、赵雄三名侯爵，曾串通胡惟庸“共谋不轨”。一场“肃清逆党”的政治运动铺天盖地而来，到处侦捕，牵连蔓引，共有三万馀人被诛戮。连一向与胡惟庸关系疏远的“浙东四先生”也未能幸免，叶升以“胡党”被杀，宋濂的孙子宋慎也牵连被杀，宋濂本人则贬死于四川茅州。
为了平服人心，朱元璋特地颁布《昭示奸党录》，刊印多册，发往各地，晓谕臣民，以此为戒。胡惟庸案至此才算告一段落，前后迁延近十年。
朱元璋如此煞费苦心，兴此大案，究竟是何用意?
废相的借口
朱元璋建立明朝之初，设有宰相制，宰相都称为丞相，当时丞相共有左、右二员，左比右大，分任左、右丞相的是李善长和徐达两人。
朱元璋即帝位后，逐渐感到帝权与相权的冲突，唯恐臣下权力太大，会导致元末“宰相专权”、“臣操威福”的局面重演。有鉴于此，几次设法试图调整，以加强皇权。最早被杀的是中书左丞相杨宪。杨宪于洪武二年九月入为中书右丞，洪武三年李善长病休时，便实际操纵中书省大权，升为左丞。他玩弄权术，陷害同僚，“市权要宠”，很快被朱元璋杀死。
接着是右丞相汪广洋被杀。朱元璋鉴于李善长权力过大，威胁帝权，于是在撤换李善长后，最初选中了汪广洋接替李善长的相位。汪广洋遇事小心谨慎，又以“廉明持重，善理繁剧”而著称。
洪武六年，胡惟庸进入中书省，与汪广洋共任右丞相。之后，汪广洋以“无所建白”贬为广东参政。但是汪广洋一离相位后，胡惟庸遇事专断与李善长相比有过之无不及。况且李善长还借胡惟庸等人，遥执相权，势力更甚于前。
汪广洋被贬后，当然也不服气，便暗中收集李善长的不法证据，于洪武九年(1376)与御史大夫陈宁，合疏参劾李善长有“大不敬”之罪。这当然正中朱元璋的下怀，于是洪武十年九月，朱元璋先升胡惟庸为左丞相，再调回汪广洋为右丞相
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