大同研究院的设立，是朱由检在祭祀上布局的一部分。
它将像马院一样，作为思想领域的一道防线。
以后，城隍司将专注于宗教，大同院则专注民族等方面，抵御蛮夷文化和堕落文化传播。
表面上，它是以是否有利于致大同，作为评判标准。
实际首先按照华夷之辨，把没有大同概念、不可能致大同的蛮夷文化，从大明的舆论场排斥出去。
黄赌毒等堕落文化，方言和异体字等不利于天下大同的地方文化，同样会限制传播，把它们的影响力限制在一定范围内。
钱谦益在明白皇帝的意图后，很快就决定成立思想所，专门安排一部分人审查这方面的问题。
然后他又成立了历史所，打算以是否有利于大同、是否符合华夷之辨，评价各个时期的历史——
他打算在这个过程中，把实证史学贯穿其中，让实学在大同院扎下根基。
甚至，他还打算挑挑黄立极正在编写的简史的错处，争取把简史编撰工作，抢到大同院历史所手里。
那样他们实学就有了对历史的评价权，再也不是无关紧要的学问。
朱由检对黄立极编撰简史拖拖拉拉也有一些不满，知道钱谦益的想法后，对此很是赞赏，思考之后提点道：
“金石考古，始自吕大临。”
“他在《考古图》中，记录了许多古时铜器、玉器。”
“我看大同院也可以成立个金石馆或博物馆，专门存放这些东西。”
“用搜集到的古时器物，什么石器、玉器、陶器、瓷器、铜器、铁器都可以搜集一些，保留原始风貌，用它们印证石器时代、铜器时代、铁器时代的划分。”
“如此才符合朕为实证史学提出的二重证据法，和那些专注文字的史学流派区分。”
钱谦益听了又受到启发，暗恨自己之前为何没有想到这一点。
这明明是为实学打下根基的好机会，可惜他是写了文章就忘了，只满足于用实证史学取代义理史学。
却不知还有金石考古这门学问等着他去收编，实学完全可以把考古学纳入麾下。
当今皇帝在学术上提点他的地方实在太多了，可惜他之前根本不在意，以至于屡屡错失机会。
他决定在大同院成立后，把皇帝公开出去的言语和行动整理一遍
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