有一天，皇帝下朝后到了梁山宫，登高而望，见丞相李斯前后护卫的车骑很多，皇帝微微摇了摇头，叹息了数声。第二天，李斯就降低了他的出行规格，减少了随行的车骑。这件事引得皇帝大怒，他质问当时随行的人，谁泄露了他的意见。没有人敢回答。于是皇帝将那一天随行的宦官、女人全都杀掉。
这一暴行，连修仙的侯生、卢生也看不下去了。他们商量说：“始皇为人，天性刚戾自用。专任狱吏，博士虽七十人，特备员弗用。天下畏罪，莫敢尽忠。上不闻过而日骄，下慑伏谩欺以取容。候星气者至三百人，畏忌讳谀，不敢端言其过。天下之事无小大皆决于上，上至以衡石量书，日夜有呈，不中呈不得休息。贪于权势至如此，未可为求仙药。”悄悄地逃走了。
这几名方士的逃亡，益发引起皇帝的怒火：“卢生等吾尊赐之甚厚，今乃诽谤我，以重吾不德也。诸生在咸阳者，吾使人廉问，或为妖言以乱黔首。”
他下令御史，将那些妄议朝政的书生都给抓起来。那些书生们相互揭发，一共抓到了四百六十馀人，全都将他们活埋。并号令天下，凡有再敢议论朝政者，就是这个下场。还有更多的人被抓后没有杀，而是发配到边境服役。
长子扶苏劝他道：“天下初定，远方黔首未集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安。唯上察之。”于是扶苏也被发配到北边的上郡，去给蒙恬当监军。
不得妄议朝政，是秦国自商鞅变法以来的传统。皇帝以这一传统为理由，诛杀了大批书生，虽然按后世的观点看可能是过分的，但在当时的法律环境下也无可厚非。不过，皇帝究竟是真的为此而杀人，还是以此为借口，发泄他的焦虑，则还是可疑的。自从统一六国后，治理如此庞大的地域，对皇帝来说绝对是一个不轻松的任务。秦国长期以来，以耕战为本，要求百姓要么从事农业生产，要么就出去打仗。天下一统后，仗是没得打了，民众只剩下惟一的任务就是耕地。这直接造成了秦国的统治危机。
失去了战争，民众就失去了惟一可以改变身份，向上层流动的通道，这对民心士气的打击是巨大的。毕竟没有人愿意在一个毫无希望的环境下生活，总是
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