7月各路明军沿运河乘船直达海津镇。
7月27日进占大都路通州，8月明军又进逼蒙元帝都大都，而此刻蒙元四川招讨使：李思齐，还在奉蒙元皇太子旨意与蒙元河南郡王知枢密院事：扩廓帖木儿（王保保）交战。
接着蒙元惠宗急忙下诏让蒙元河南郡王知枢密院事前来中书省大都路救驾，丝毫把之前如何听信谗言污蔑他的事抛到脑后，但怎奈明军北伐攻势太猛了，在山东行省打败了蒙元詹事院同知：脱因帖木儿（王保保弟），又俘虏了蒙元梁郡王河南江北行省平章政事：乃蛮·阿鲁温，才迫使蒙元惠宗为了安全起见直接带领蒙元帝后：奇皇后，三宫后妃、蒙元皇太子：孛儿只斤·爱猷识理答腊，开健德门逃出大都，经居庸关逃到中书省上都路退守蒙古草原。
蒙元京畿都尉：孛儿只斤·库库帖木尔，被迫逃跑，就连率先赶到大都路救驾的蒙元四川招讨使也投降明军，至此98年的大元蒙古帝国灭亡。
同时大明取得了在长城以南的统治权，还赐（顺帝）封号给蒙元惠宗，并承认大元蒙古帝国的正统，但大明建立后虽然蒙元帝国失去了对中原的统治却仍然拥有着广阔的北方草原地区以及中书省北部、陕西行省西部、四川行省、云南行省、宣政院辖地、辽阳行省、岭北行省、甘肃行省、征东行省、等地仍归蒙元惠宗顺帝统治，还有西部畏兀儿、东部的高丽国和辽阳行省广宁府路的蒙元太尉：扎刺儿·纳哈出，都在配合蒙元皇帝准备反扑明军，因此大明时刻感到有重大威胁。
明洪武二年、蒙元至正二十九年公元1369年2月16日，明太祖：朱元璋，在鸡鸣山立功臣庙，当时他告谕中书省群臣说“元末政乱，祸及生灵。我倡义临濠，以全乡曲，继率英贤渡大江，遂西取武昌路，东定集庆路，北下中原，南平闽广，越十有六载，始克混一每念诸将相从，捐驱戮力，开拓疆宇，有共事而不睹其成，建功而未其报，追思功劳，痛切我怀，因此，命有司立功臣庙，序其封爵，为像以祀，人孰无死，死而不朽，乃为可贵如诸将者，生建忠勇之命，死有无穷之荣，身虽殁而名永不磨灭。”
6月初3日庙成，明太祖亲定功臣位次，以明魏国
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