书按理来说条件并不苛刻，因此明兵部尚书看过之后大为欢喜，便准备待明日上朝之时，悄悄递给皇帝陛下批准，但他却粗心大意高兴过头，早早回书房睡觉去了。
未收藏密件，而是直接放在书案上，被家僮看见误以为是塘报？便抄了下来，传给行人司。
于是次日朝堂之上，六科御史均上奏弹劾，京城内外军民均为之唾弃，眼看瞒不住了明毅宗也不想背这个责任，便下令指责明兵部尚书私自议和，命北镇抚司锦衣卫抓陈新甲入诏狱。
但是陈新甲却拒不认罪，反而还自诩其功，明毅宗害怕事情闹大便早早了断，以议和中断为由不许官员弹劾，可明吏科给事中：马嘉植，却又站出来弹劾陈新甲。
另一边满清都察院承政：张存仁，上奏满清太宗请求尽快招降明宁远卫总兵：吴三桂，并让其舅舅满清汉军正黄旗总兵：祖大寿，致信道“大明气数已尽，重臣大帅皆被俘归降，吴总兵乃是祖总兵的外甥，何以表明自己，大厦将倾，一木难支，您纵然苟延岁月，但智竭力穷，最终也要重蹈你舅父覆辙。不如现在就投降，还能在大清获取勋名。”
但被明宁远卫总兵直接拒绝，并烧毁书信当做没有这回事。
7月17日，明毅宗告诫吏部群臣道“近年来有司不修守备，贼至辄陷，原与冲锋阵亡及持久力诎之士不同。若概赠荫，保以奖励忠劳今后宜详加分别，除异常义烈，恤典取自上裁。其失事损身，有司六七品赠监司五品，其五品赠临司四品，方简官赠京秩，著为令。”
7月20日，大明帝国西部俄力思军民元帅府境内，藏巴汗：噶玛丹迥旺波，兵败被俘，卫拉特蒙古和硕特部固始汗：孛儿只斤·图鲁拜唬，将曾取缔达赖封号的藏巴汗缝在生牛皮里，并丢进大河雅鲁藏布江河里淹死。
随后又继续西进，降服了俄力思军民元帅府地区，亲自驻守沙鲁万户府，命其长子：孛儿只斤·鄂齐尔，镇守大慈法王驻地拉萨城，并分兵控制卫藏各地，成为实际统治卫藏的和硕特汗国。
7月29日，陈新甲从狱中上书乞求宽容，但被明毅宗给拒绝了，因此陈新甲只得贿赂北镇抚司诏狱。
为此明户科给事中：廖国遴、明兵科给事中：杨枝起，
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