沈参将，连忙调转兵峰也加入到了平叛当中，众将们先救出黄总镇总兵，在捆绑了叛将：耿仲裕、王应元，等带头者将其斩首示众，黄总镇总兵为了表达感谢，当即提拔明东江镇水营都司：尚可喜，为〈东江镇水营游击将军〉。
在兵变平息后的上疏中，明东江总镇总兵还将明东江镇坐营左参将：沈世魁，列为平叛有功人员之首，不过也让嚣张跋扈的黄总镇总兵，在吃了这计惊险后变得谨慎起来。
同时他还上书朝廷，请求治明登州卫中军左参将：耿仲明，的罪。
然而明登州卫中军左参将对于黄总镇总兵杀死弟弟的做法十分气愤，但毕竟是弟弟行为过于胆大，因此耿参将只得向明登莱巡抚：孙元化，汇报情况要他上奏朝廷，弹劾黄总镇总兵贪污军饷，这才导致了士兵哗变。
于是朝廷派人来查，结果查来查去也没有查清楚具体情况，只是给朝廷交了个调查报告，便不了了之了。
事后参与调查的明辽东总镇兵备道：杨嗣昌，秘密上报朝廷表示此事实为安抚明登莱巡抚、明东江总镇总兵之间的利益冲突，所以才故意上报说查不出结果，其实这个索饷事件，的幕后主使应便是沈参将，但却杀了耿都司等人替罪。
10月25日，被围困近两个月的大凌河堡（广宁中左守御千户所）彻底弹尽粮绝陷入困境当中，据从城里逃出来的一个商人叫：张翼辅，的开口说“城里边先是杀战马，吃马肉，待马肉吃光了，就吃人，先吃手无寸铁的筑城民夫，也吃那些饿死的士兵，惟有几个大官还有米一二升而已，没柴就用人骨，烤人肉吃。”
很显然，此时的大凌河堡（广宁中左守御千户所）城内已经变成了一座活地狱，后金天聪汗在通事以及汉官的汇报中，了解情况后更加坚定劝降之事。
城内经过众将们的谈判明辽东总镇总兵：祖大寿，也做了最后决定，他主动写信邀请后金正白旗游击将军：瓜尔佳·石廷柱、后金三等副将：金砺，进城商议降金事宜。
当晚祖总镇总兵侄子明广宁中屯卫千总：祖可法、二子明广宁中屯卫副将：祖泽润、明援剿游击将军：刘天禄、明宁远卫右参将：张存仁，四人跟随后金正白旗游击将军一同到了后金军大营
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