21日，明毅宗召见明内阁首辅：韩爌、明东阁大学士：李标、明文渊阁大学士：钱龙锡、明吏部尚书：王永光、明南直隶都察院左都御史：曹于汴，等大臣于文华殿中，谕定阉党九千岁明司礼监掌印太监兼东厂提督：魏忠贤，逆案一事。
但是明内阁首辅等官员却不愿树敌太多，便仅仅拟定了四五十人以上作罢，这让明毅宗看后非常不悦，还传令以；赞导、拥戴、颂美、谄附，等为目地，将阉党人们罗列在其名单上。
还命南北镇抚司锦衣卫，拿出证据将党羽们统统罗列出来交由内阁群臣定罪。
2月16日，上谕曰；《会典》规定，民间有四五子愿以一子报官阉割者，有司造册送部选，敢有私自净身者，本身及下手之人处斩，全家发烟瘴地方充军，两邻歇家不举者治罪。
近来小民希图射利，违禁私行阉割，自今以后，且不收选，敢有犯者，按法正罪。十六岁以上罪坐本身及下手之人，十五岁以下罪坐主使及下手之人，其主使除嫡亲祖、父依故杀子孙律科断，如系伯兄母舅亲威人等，与同下手之人必杀无赦，倘有强阉他人幼稚希图诬赖的讯明反坐，亦不姑息，布告中外，确行遵守。
到了2月28日，后金天聪汗第二次派人送信称；老天希望我们两国修好，共享太平，我渴望和平，所以诚心派遣使者来，怎么议和，都听你们说了算。
这时后金天聪汗殷勤得不得了，一次送信没答复，就来第二次，如此反复。
3月15日，明内阁首辅奏上逆案，由皇帝陛下亲自裁定，自魏公公、客印月，磔死之外，其余阉党均以六等定罪，也因此把明太子太傅：崔呈秀，等五虎以〖首逆同谋罪〗当斩、明南直隶都察院右佥都御史兼操江提督：刘志选，等官员以〈交结近侍罪〉应斩，限其秋后处决。
明太子太师：魏广微，等11人与明东厂都督佥事：魏志德，等35人被罚充军罪，明苏杭织造太监：李实，等以交结近侍又次等罪充军、明建极殿大学士：顾秉谦，等129人以「交结近侍減等罪」坐牢三年赎罪为民。
前任明吏部尚书：黄立极，等44人被革职查办，明毅宗还下令废除（东厂）以南北镇抚司衙门来代替，并取消了司礼监
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