京城方面的圣旨封明都察院右佥都御史：袁崇焕，为「辽东总镇巡抚」并且由自己负责监军山海卫。
由此明内阁首辅：顾秉谦、明东阁大学士：丁绍轼、明文渊阁大学士：黄立极、明武英殿大学士：冯铨、明兵部尚书：王永光，纷纷上书谏止。
但明熹宗却以明成祖燕王永乐文皇帝陛下：朱棣，已有旧制，且为恢复封疆之大事，皆驳回奏折不听。
3月11日，后金覆育英明天命汗：爱新觉罗·努尔哈赤，对于那些不肯亲善他的漠南蒙古内喀尔喀五部贝勒们开始发起进攻，由后金大贝勒：爱新觉罗·代善，率军攻打漠南蒙古内喀尔喀扎鲁特部，擒获漠南蒙古内喀尔喀扎鲁特部贝勒：孛儿只斤·巴克，父子等十四个贝勒。
还杀死漠南蒙古内喀尔喀鄂尔寨图贝勒，并俘虏大量漠南蒙古内喀尔喀扎鲁特部子女属民财产。
3月18日，周顺昌为了百姓着想自己前来投案，但在启程北上时，却被人在水路拦截漕运船只，吓得明应天府巡抚：毛一鹭，急忙飞报奏折。
南镇抚司锦衣卫缇骑们上奏称“吴人谋断水道，劫取漕舟。”
这让魏公公大惊失色，但明应天府巡抚却上书安慰道“缚得倡乱者；颜佩韦、杨念如、周文元、马杰、沈扬，乱已定。”
才让魏公公放下心来，不过南镇抚司锦衣卫缇骑却不敢轻易踏出南直隶应天府皇城，害怕再次遭到拦截。
3月15日，水西叛贼首领罗甸大王：安邦彦，为摆脱日益困难的处境，他决定主动出击率军数万人渡江进犯威清卫，兵峰威胁贵阳府。
明军方面得知消息后，由明湖广川贵总理：鲁钦，率兵北上沿着暗流河与贼军连战数日，双方互有胜负直至夜半，贼军夜袭明营，再加上明军将士们缺饷，皆无心恋战纷纷逃窜，慌乱中明湖广川贵总理：鲁钦，立战贼军。
待精疲力尽之后，不想被俘便自刎而死，威清卫诸营尽溃，贼军还试图逼近贵阳府，但被镇西卫、平坝卫、龙里卫三处明军赶来支援，使得贼军大败又撤了回去。
4月13日，后金又以漠南蒙古内喀尔喀五部背盟且通明为借口，由后金覆育英明天命汗亲自出兵攻打漠南蒙古内喀尔喀乌济叶特部首领：孛儿只斤·舒哈克卓
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