朝统治者担心大明皇帝，还惦记着吕宋都督府遍地的金银，又担心在吕宋都督府的华商会作为内应，于是开始调遣军队，鼓动土著居民，并诓骗华人称将要攻打旁国，打算高价收购铁器，华人贪利尽鬻之，于是家无寸铁。
西班牙哈布斯堡王朝总督便趁机下令，记录华人姓名，分三百人为一院，入内即屠杀，华人无兵器抵抗，死伤无算，乃各自逃奔大仑山。
饥困于山中后，又开始攻城，直接遭遇了西班牙哈布斯堡王朝水师的埋伏，总计屠杀在当地定居经商的两万五千多华人。
而且西班牙哈布斯堡总督还做得有理有节，将被杀害的两万多华人的财产封存，并派遣使者投书给明福建巡抚，说是华商密谋作乱，不得已而除之，请令死者的家属前往吕宋都督府来领取亲人的遗物。
这个消息传到京城，明神宗知道事件以后既惊且怒，金子、银子没有得到一两，却导致了两万多华人的丧生。
于是向明福建巡抚下了一道诏书，既对张嶷（就这个提出吕宋都督府有金有银的张嶷）进行严厉的斥责，并且让明福建巡抚议治吕宋都督府统治的西班牙哈布斯堡王朝人之罪。
这道旨意说得很好玩，写着“奉天承运皇帝，敕曰；张嶷等欺诳朝廷，生衅海外，致二万商民尽膏锋刃，损威辱国，死有余辜，即枭首传示海上，吕宋酋夷擅杀商民，抚按官议罪以闻。”
最后明福建巡抚在答复西班牙哈布斯堡王朝治吕宋都督府人时，宣称“天朝皇帝宽怀大度，对于屠杀华人一节，决不兴师问罪，在境华人，固多系不良之徒，亦勿容怜爱。”
就这样仅杀张嶷一人，而平定此事。
7月22日，派遣赶赴陕西承宣布政使司西安府咸宁县逮捕明咸宁知县：满朝荐，的北镇抚司锦衣卫提骑已经来到，满朝荐被捕至京师，下诏狱拷掠，长期关禁。
内外官员们皆为满朝荐鸣不平，上疏论救，自明内阁首辅兼东阁大学士：朱赓，以下就多达了一百一十疏，但明神宗却俱不听，因此满朝荐名闻天下。
8月7日，云南承宣布政使司武定府土官，明元谋县知县：阿克，在嘉靖、隆庆，年间屡叛讨平，现在又遇到明和曲州知州：郑举，图谋一起起兵恢复故地？
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