可惜到了明末，明廷官方的匠户制作发放的鸟铳大多粗制滥造、容易炸膛，明军火铳手为了保命，大多选择少填火药以降低炸膛机率，又“发明”了闭眼缩脖伸铳的射击方法，导致鸟铳威力大大降低，以至于身披重铠的清军步兵都能在明军的火铳威胁下大开无双。
而因为鸟铳容易炸膛又“威力弱小”，明军反倒更喜欢使用三眼铳这些相对稳定的火绳枪，等清军编练起乌真超哈和汉军旗、大量装备鸟铳之时，明军面对纪律严明的清军火铳手，连以往的火力优势，都被清军彻底压制住了。
不过对于明末的明军来说，保留大量装备火门铳的火器兵也是现实中无奈的选择，鸟铳的缺陷很严重，装填缓慢，一名熟练的铳手一分钟最多击发两发左右，而且因为火绳枪的特性，铳手之间必须预留一定的空间，无法集结成严密的队形保证以密不透风的火力密度遮蔽射击区域。
这导致这个时期的火铳部队极其依赖于与其他兵种的配合，依靠他们的掩护，给自己提供稳定而安全的火力输出环境。