其次缺乏经验丰富的水师将领和船舰军官，红营起自山林，但水师建立的并不晚，早在红营自永宁向吉安、永新等地渗透扩张之时，就已经开始招募渔民、征募民船组建船队，编组了独立的水师部队。
但红营的水师与清军的内河船队一样，长期只是作为陆师的辅助，协助运输、巡哨江面，在红营防守或围攻沿江城池和地区之时，配合炮台土垒封锁江面、阻拦敌军的援军乘船直入、拦截敌军顺江逃跑，真正正经打过的水战也只有当年在峡江对付秦广森所部的那一场伏击战，可那一仗能胜，多半也是因为如今还在石含山里挖矿的秦广森轻敌松懈的缘故。
红营的水师是从头开始建设，但水师官兵又缺乏足够的磨练，和清军作战之时往往就会因为经验不足而吃亏。
比如说船队行军作战最忌顺风顺水，否则进则疾驰如飞、退则寸步难行，最好逆风逆流、其次顺流逆风，胜则易归、败则易退，就这么个小细节，若不是长期精熟水战的老将往往都会忽视。
许多次红营的水手和将官还抱着以前驾驶渔船商船等民船的经验，开战之时便立刻去抢占顺风顺水的位置，打起来以后船只在水流和风向的推动下便难以操纵，小船舢板速度快，往往会与大船脱节，又因清军炮轰掀起波涛，在减速之时遇风翻覆，而大船失去小船掩护，想要撤退之时又难以行进，只能是白白挨炮。
红营的水师军纪中便有严令任何时候都不得顺风出战的死规定，便是用无数的鲜血和教训换来的。
其次，船队船只大小不一、性能各异，民船改造的船舰犹为复杂，在实战和不同水域之中各有其优势和不足，这一点不是单靠战士们的素质就能弥补的，必须要统军的将领统一协调组织，但红营的水师将领大多也是渔民出身，同样缺乏这方面的经验，给他们一两艘船舰单打独斗，他们得心应手，可和清军船队大规模作战时，往往便会乱成一团。
战船可以新造、人员可以招募训练，但这些经验方面的问题，就只能一点点的积累，在一次次吃亏流血之中去弥补了。
如今红营已经占据大半个江西，要继续向江南方向发展，没有一支能战的水师是万万不行的，鄱阳湖四千多平方公里
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