有人心存侥幸，依旧负隅顽抗，当即被清查官兵就地拿办，家产查封；有人试图暗中转移赃银、隐田，却早已被诸葛亮提前布下的眼线盯死，人赃并获；那些聚众闹事、罢市要挟者，被地方驻军迅速弹压，为首者悉数抓捕，投入大牢。
一车车查抄而来的赃银、赃粮，一片片核查出来的隐匿田产，源源不断地从南方七省各地，押往南京行辕，再经过清点核算，转运至京师国库。原本空空如也的大明国库，随着南方清查的深入，渐渐充盈起来，各地流民安抚所需的粮饷，终于有了着落。
而就在南方清查风暴席卷七省之时，法正的练兵大业，也在紧锣密鼓地全面铺开。
他奉诸葛亮将令，不再局限于南京一地练兵，而是以南京大营为核心，在湖广、江西、浙江、福建四省，分设四大练兵基地，传令各地，将全国可调之精锐士卒、可征之青壮劳力，尽数调集至各大兵营，进行整编扩军。
南京大营内，法正一身玄甲，腰佩利剑，立于练兵高台之上，望着下方源源不断赶来的士卒与青壮，神色冷峻。
他练兵，向来秉持三字诀：狠、严、准。
明末军队，积弊已久，吃空饷、喝兵血成风，士卒粮饷被层层克扣，衣不蔽体、食不果腹，军械破旧，军纪涣散，毫无战斗力可言。法正一接手练兵，便彻底废除所有明军陋习，立下铁律：粮饷、军械、衣物，全数由大营直接下发到每一名士兵手中，严禁任何将领、官吏克扣，一经发现，无论职位高低，即刻斩首示众。
对于入伍士卒，法正更是优中选优，全面淘汰老弱病残，只留身强体壮、意志坚韧的精壮之士，但凡有畏苦怕累、不听号令者，一律逐出兵营，绝不姑息。
同时，他下令改良军械作坊，召集天下能工巧匠，打造强弓、硬弩、坚甲、利刀，优化火器铸造与使用之法，淘汰老旧破损的军械，为每一名士卒配备精良装备。
训练之上，法正摒弃明末军队流于形式的操练方式，全力推行实战化训练，昼夜演阵，从不间断。近战搏杀、骑射突袭、守城防御、山地作战、水战交锋，各种战**番演练，让每一名士卒都能熟练掌握多种作战技能。
军纪更是严明至极：扰民者斩，畏战退缩者斩，私通外敌、泄露
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