根在等到大本营进攻南京的命令后，立即兵分两路向南京扑来：一路由上海派遣军组成，沿太湖北侧，经苏州、无锡、常州、丹阳、镇江向南京进攻；另一路由第10军组成，沿太湖南侧，经嘉兴、湖州、长兴扑向南京。不久日军又分为四路，两路由丹阳、金坛等地直扑南京，另两路分别迂回芜湖和浦口，以图对南京守军形成东、北、西南几面包围之势。从12月5日起，双方在南京外围发生激战。中国军队抵抗不利，日军于8日全线突破南京外围防线，完成了对南京的最后包围。
日军虽来势汹汹，然而却早已面临多重困难。日军经淞沪战役后，未经充分休整补充就开始向南京方向进击，其后勤保障也严重不足。松井石根的幕僚们多次向他提醒过类似的问题，他也深知自己的部队面临的困难，但他仍然一意孤行。
11月20日，日参谋总长闲院宫载仁亲王向第10军发出指令："部队为求得补给，应尽量利用现地物资"。在当时的环境下发出这样一道指令，无异于指使日军进行公开抢劫。松井石根作为方面军最高指挥官，对日军接到命令后的所作所为给予默认。"其结果大规模的掠夺行为自然漫延到整个部队"。可以说，日军此时的行为，正是南京大屠杀过程中大规模抢劫的预演。
12月8日，松井石根下令空投《劝降书》，要南京卫戌司令唐生智"和平开放南京城"，遭拒绝。
10日下午1时，松井下达了向南京城发动总攻的命令。经过3天激战，守军渐显不支，13日，日军第6师团在师团长谷寿夫率领下，最先从中华门攻进南京城。南京陷落。随即日军临时攻城总指挥官，上海派遣军司令朝香宫鸠彦王，亲自签署了"杀掉全部俘获人员"的命令，倭国军队以搜寻败兵为名在在中国首都南京进行了一场，持续6个星期之久的惨绝人寰的大屠杀。
由于来自未来的力量的干涉，苑永贤率领八路军特别纵队南京特遣队，潜入南京城内救下了无数同胞，顺便以各种手段杀了几万鬼子，在南京城内搅得天翻地覆。因此，日军的南京大屠杀行动受到干扰，忙于应付南京特遣队的攻击和破
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