另一个坏消息又接踵而至，驻长春的关东军司令部来电，所部第5独立守备队大岛茂少将报告，"1941年11月28日晚，支那军偷袭了驻哈尔滨附近的石井部队，我部同石井部联系中断，在前往支援的途中，遭到支那军猛烈攻击，我部伤亡惨重，无力驱逐渗透之敌。渗透支那军的兵力和目的，以及石井部情况正在调查中。"陆军大臣林铣十郎手里拿着电报呆若木鸡，一个独立守备队都伤亡惨重，而且对渗透的支那军一无所知，可见是来者不善，石井部队怕是凶多吉少。
1936年，根据倭国天皇的密令，在哈尔滨和长春分别组建秘密细菌部队，石井部队受命迁驻于哈尔滨市南郊二十公里的平房。1941年8月改称"满洲第731部队"。该部所在的平房地区，占地30多平方公里，是当时世界上规模最大的细菌工厂。归属倭国陆军省、日军参谋本部和倭国关东军司令部双重领导。下辖8个部队、4个支队，同时配备由关东军和各兵团指挥的支队。拥有细菌专家、科技人员3000余名。配有培植生产细菌及微生物的设备。设有关押试验对象的监狱、细菌炸弹工厂和野外试验场、专用航空队与机场、特种靶场等。
自从华北战败，日军被迫退出中国关内地区，军部指示加快细菌武器研制进程，争取早日将此秘密武器投入实战，重新确立大倭国皇军，在支那大陆的霸主地位，将支那军彻底予以消灭。为此，731部队疯狂地研制细菌武器，大量培育与繁殖感染力强、传染迅速、死亡率高的鼠疫、霍乱、伤寒、炭疽、赤痢等病菌，及散布细菌的人体寄生虫，并惨无人道地用活人，进行名目繁多的细菌试验。常见的有：细菌注射、染菌饮食、毒气释放、冻伤治疗、真空环境、细菌弹及火焰喷射器杀伤力等。凡接受上述种种残酷实验的人，一经治疗痊愈，就不免再受接二连三的实验，直到折磨死为止。至目前为止，已经生产出足够用于战争的投放数量。关东军司令部已经秘密地下达命令，如果支那军敢于向满洲国进犯，立即对其后方进行投放，使其无力支持长久作战，这也是为什么倭国敢于交恶中国的原因。
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