中的彩蛋一样，玩家在第1次玩游戏的时候往往很难发现彩蛋，彩蛋的发现通常都发生在二刷三刷乃至十几刷中。
不可思议魔法学院的隐藏剧情也是如此，第1次进入魔法学院的游客，上课、探索城堡、买东西尚且忙不过来，哪有时间和机会去和NPC聊天互动触发隐藏剧情。
大部分的隐藏剧情都和NPC的人设有关，比如说莉莉安，作为校董，莉莉安的隐藏剧情非常有排面，是个系列任务。
首先玩家需要对莉莉安为什么这么穷产生好奇，莉莉安穷是每一个玩家都知道的事实，毕竟宣传片里拍了。那么高的播放量，来学校里玩的玩家不可能没有看过宣传片。
第一阶段玩家需要获得几个关键性道具：
1.前排感受莉莉安的火系魔法课，亲眼目睹爆炸后，在下课后前往讲台附近寻找到爆炸碎片。
2.在江茶的木系魔法课上获得江茶的喜爱，从而被江茶邀请进入她的办公室，发现江茶其实是不可思议魔法学院的财务。通过聊天索取或者探索发现，找到莉莉安的工资表和欠债的具体数额。
3.获得佩吉校长的喜爱，被邀请进入校长室，在校长室中找到莉莉安的应赔偿清单。
在上述三个条件完成后，玩家只需要拿到三个对应道具，寻找到莉莉安就可以开启第二阶段的任务。
第二阶段的任务是帮莉莉安打工还债。
第2阶段开启后，该任务会向全体玩家开放。礼堂会新增限定场景公告栏，公告栏上发布每日打工任务，玩家可任意领取，完成任务积攒积分，通过积分兑换小礼品。
等到第二阶段完成后，就会开启第三阶段，同时也是莉莉安任务的最终阶段：探寻莉莉安会频频爆炸欠下巨款的真相。
这个阶段的任务比较复杂，涉及场景众多，玩家们需要依次攻略莉莉安、零老师、佩吉校长和神出鬼没的江祺，探索全部的老师办公室，搜集道具，解锁莉莉安的全部剧情。
同时第3阶段会稍微牵涉一点零老师的隐藏剧情，发现零老师是莉莉安的导师，同时也是不可思议魔法学院的前校董，且莉莉安手上的股份全部都是零老师死后留给她的。让玩家们感受莉莉安的败家，和这师徒二人之间感天动地的师徒情。
当然第3阶段的最终目的还是让玩
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