顺八年，英宗病重，立即召李贤委以托孤重任，辅助太子朱见深，也就是后来的明宪宗登基。
明宪宗即位，李贤升任少保、吏部尚书兼华盖殿大学士、知经筵事，并参与议定两宫尊号、平定荆襄流民，以及征讨河套鞑靼等重大事务。
只可惜，李贤只辅佐了朱见深两年时间，就在第二年的月底之时去世，享年五十九岁。追赠特进光禄大夫、左柱国、太师，谥号“文达”。
自李贤掌管内阁以来，颇有宰相风度，为政识得大体，可谓是知无不言，言无不尽。
在用人的一方面，他进贤而退不肖，提拔了年富、王竑等一干名臣，并革斥了四千多冒“夺门”之功而膺爵位之人。
石亨、曹吉祥得势时，李贤不与其沆瀣一气，而时时劝英宗疏远他们。
英宗意图更换太子，李贤予以劝止，使得太子（明宪宗）保全自己，消弭巨变于无形。
宪宗即位后，他警告宪宗“天时未和，由阴气太盛”，又劝宪宗“无狎左右近幸”。
唐枢在《国琛集》中，将其主要政绩归纳为“止殉葬，释庶人，禁冒功，疏正本，安边鼓妖斥仙师号，应曹钦伤臂之变”六条。
而李贤耿介忠直，深受英宗宠待，对于宪宗初年的政治，也颇有影响，史称“自三杨以来，得君无如贤者。
但李贤也不是完人，他压制叶盛，排挤岳正，不救罗伦，“尤为世所惜云。
王鏊亦称“国朝自三杨后，相业无如李贤，其得君最久，亦能展布才猷，然在当时以贿闻，亦颇恣横”。