悲剧，不仅导致太子、皇后惨死，还牵连了数万名无辜百姓，让本就动荡的社会雪上加霜。
征和三年（前90年），刘彻逐渐得知“巫蛊之祸”的真相，意识到自己冤枉了太子刘据。就在此时，他又发现丞相刘屈氂与李广利等人勾结，欲立李夫人之子昌邑王刘髆为储君。刘彻怒不可遏，下令将刘屈氂腰斩，诛灭其家族；正在外征战的李广利得知消息后，投降匈奴，其家族也被诛杀。同时，刘彻还清洗了江充、苏文等人的家族，为太子平反昭雪。
为了表达对刘据的思念与愧疚，刘彻下令在长安修建了“思**”，并在湖县修建了“归来望思之台”。每当他思念太子时，都会前往台上眺望，痛哭流涕。这一举动，既是对自己晚年错误的反思，也向天下人表明了自己的悔意。
在这场宫廷清洗中，为太子伸冤的高寝郎田千秋得到了刘彻的赏识。田千秋原本只是一个负责管理汉高祖陵寝的小官，他冒死上书，为刘据鸣冤，指出“巫蛊之祸”是江充等人一手策划的阴谋。刘彻对田千秋的勇气和忠诚非常赞赏，破格提拔他为大鸿胪，数月后又将他超升至丞相，封富民侯。田千秋的提拔，标志着刘彻开始反思自己的施政理念，试图缓和社会矛盾，稳定统治秩序。
值得庆幸的是，刘据并非全军覆没。他唯一幸存的孙子刘询（原名刘病已），当时刚出生不久，便被关押在长安狱中。负责治狱的廷尉监丙吉深知太子的冤屈，对刘询格外照顾，不仅派人悉心照料他的生活，还多次冒着生命危险保护他免受迫害。在丙吉的保护下，刘询得以在狱中平安成长，为汉朝的延续留下了一线希望。
“巫蛊之祸”虽然让汉朝的统治遭受了沉重打击，但也让刘彻彻底清醒过来。他晚年颁布《轮台诏》，深刻反思了自己的穷兵黩武政策，下令停止对外征伐，重视农业生产，与民休息。这一转变，为汉朝的“昭宣中兴”奠定了基础。