高更厚的城墙，还挖掘了环绕都城的护城河，提升防御能力；同时划分“王宫区”“贵族区”“平民区”“手工业作坊区”与“集市区”，形成功能明确的都城布局。同年年底，第二次迁都完成，邢地成为商朝的新都城。
在第二次迁都过程中，出现了一个特殊情况：部分商朝公族（王室旁支）因“眷恋耿地故土”或“不愿再次迁徙”，拒绝跟随祖乙前往邢地。这些公族在耿地拥有封地与产业，且在河亶甲、祖乙时期积累了一定的势力，若强行逼迫其迁移，可能引发内部矛盾；若放任其留在耿地，又担心其因“脱离王室管控”而形成割据势力。面对这一难题，祖乙展现出灵活的政治智慧——他决定“分封耿地，以亲族镇之”，将自己的弟弟祖丙封为“耿侯”，赐耿地为封地，建立耿国，让祖丙率领愿意留下的公族与平民，在耿地继续生活。
祖丙受封后，在耿地积极开展重建工作：组织民众修复被洪水破坏的房屋与农田，修建水利设施防范后续水患；同时严格遵循商朝王室的政令，按时缴纳贡赋，定期前往邢地朝见祖乙，确保耿国始终处于商朝的统治体系之内。这一安排，既安抚了不愿迁移的公族，又将耿地纳入王室亲族的管控范围，避免了地方割据的风险，成为商朝“以分封制稳定地方”的早期实践，也为后世周朝分封制的发展提供了借鉴。
尽管迁都邢地后，商朝暂时摆脱了水患困扰，但祖乙并未停下“优化统治中心”的脚步。经过数年治理，祖乙逐渐意识到，邢地虽无水患，但“距离东部诸侯较远”，不利于管控东南方的夷族部落（如蓝夷、班方）；且邢地周边多为平原，缺乏天然屏障，若遭遇大规模外敌入侵，防御压力较大。祖乙八年（公元前1310年），在巫贤的建议下，祖乙决定进行第三次（也是最后一次）迁都，目的地为庇地（今河北邢台广宗县北大平台，又称“沙丘平台”）。
庇地的优势远超邢地：其一，地理位置更优越——庇地位于邢地东南方向，靠近大彭国，便于与这位忠诚的诸侯联络，借助大彭国的军事力量防范东南夷族；其二，自然条件更适宜——庇地地处华北平原与黄河冲积平原的交汇处，土地肥沃，水源充足
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