道商洛、豫西，转入湖广襄阳。
占领西安后，清廷命多铎部东进南京，摧毁弘光政权，命阿济格部继续追击大顺军。此时，50万大顺军已是军心涣散、纪律松懈、指挥混乱，在清军追击下，在襄阳、九江等地连败十三仗，丧失了全部辖地。五月，李自成率兵一部退至湖北通山县九宫山时，遭当地地主武装袭击，不幸牺牲，大顺政权遂而瓦解。其余部30余万后来在李过、李来亨等领导下与南明政权联合，继续抗清，最后于康熙三年（1664年）失败。
张献忠的大西政权由于地处四川一隅，对全局无太大影响，所以清廷在摧毁大顺政权和弘光政权之后，开始把注意力转向割据一方的大西军。顺治三年（1646年），豪格率清军由陕西入川，征讨“大西”政权。十一月，清军对张献忠在西充的大营发动了凌厉的攻势，农民军兵败如山倒，张献忠也在此役中中箭身亡。大西政权随之瓦解。其余部在孙可望、李定国领导下南走云贵，逐步走上联明抗清的轨道，成为永历朝的军事支柱。后来孙可望投清，李定国继续斗争，坚持到清康熙元年（1662年），最后失败。
明朝灭亡后，福王朱由崧监国南京，后即皇帝位，改元弘光。在面临战争这个关系命运存亡的问题上，也是举足失措。他们天天讲“讨贼”、喊“中兴”，报君父之仇，把主要危险和敌人看成是李自成和张献忠等农民军，以全力防御。其实他们对北方的情况一点也不了解，还看不到威胁南明存亡的已不是农民军，恰恰是清政权。六月间，史可法在《款清灭寇疏》中，还强调：“目前最急者，无逾于办寇矣。”事实是，农民军已被清、吴军击败，退到陕西后，一蹶不振了。而清已据有北京及其畿辅地区，正在准备南下。史可法及南明决策人还不以为意，说：“但清既能杀贼，即是为我复仇。予以义名，因其顺势，先国仇之大而特宥其前辜，借兵力之强而尽歼其丑类，亦今日不得不然之着数也。”他们把清入京看成是帮助明朝复仇的友好举动，主张继续借用清兵全歼农民军。与清议和，实行“联虏击寇”的方针，是举朝一致的意见，已成为南明一项国策。
顺治二年（1645年）四
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