后，博洛的下一个目标便是福建的隆武政权。当时镇守福建的郑芝龙，手握十余万水陆大军，是隆武政权的支柱。清朝大学士洪承畴与郑芝龙是同乡，他写信给郑芝龙，以“三省王爵”的厚禄高官相利诱，劝其归降清廷。郑芝龙本就胸无大志，又贪图富贵，不顾儿子郑成功与麾下众将的苦苦劝阻，执意带着几个儿子北上，前往博洛的大营投降。
可郑芝龙万万没想到，博洛从一开始就没打算兑现承诺。郑芝龙一到清营，博洛便立刻翻脸，背信弃义地将郑芝龙与其诸子全部扣押，随后强行押往燕京。不仅如此，博洛还趁郑家群龙无首之际，派兵突袭了郑芝龙的老家闽南南安，在当地烧杀劫掠，将郑家的祖宅与产业抄掠一空。也正是博洛的这一举动，彻底断绝了郑成功的退路，让他与清廷结下了不共戴天之仇，从此走上了坚决抗清的道路。
顺治六年正月，山西总兵姜镶在大同起兵反清，附近各府县纷纷响应，山西全境震动，局势岌岌可危。博洛奉命与硕塞一同率军北上，救援代州。