除了藩王、官绅隐匿的田产，朱承宗的清丈团队还重点清查了抛荒与逃亡地、屯田流失与军地混淆的土地。
经过旱灾和起义，山东有大量土地因百姓逃亡而抛荒，这些土地有的被豪强趁机侵占，有的则无人管理。
而军屯田则因管理混乱，大量被军官、豪强私吞，与民田混淆不清。
清田队深入偏远乡村，逐一核实抛荒土地的归属，将被侵占的抛荒地收归官府，再分配给流民耕种。
对于军屯田，则严格按照朝廷存档的军籍文书，重新划分边界，将被私吞的军屯田收回，交由当地卫所管理，要求卫所士兵重新屯田，恢复军粮自给。
经过两年多的努力，这些原本「消失」的土地，共清查出7万顷，重新纳入朝廷的赋税体系。
在整个清丈过程中，朱承宗的手段酷烈到了极致。
对于拒不配合的官员、豪强，无论是一品大员的亲属，还是地方望族的族长，只要触犯律法，一律严惩不贷。
两年多时间里，山东共有12名知州、知县因「包庇豪强、隐匿田产」被斩首，30余名官员被流放边疆，200余名乡绅、庄头被处死。
尤其是那些在受灾地区，敢违背圣意继续征收赋税、克扣赈灾粮的官员胥吏，朱承宗更是毫不留情，一律凌迟处死，其家产全部充公，用于赈灾和安抚百姓。
济南府的一名粮道官员，在朝廷蠲免赋税期间，仍私自向百姓征收粮食，还克扣了三成赈灾粮。
事情败露后，朱承宗下令将其凌迟处死，在府衙前示众三日，消息传开后，再也没有官员敢私自征税、克扣赈灾粮了。
百姓们见状，纷纷称赞朱承宗「为民做主」，之前对清丈的疑虑彻底打消，全力支持清丈工作。
历时两年零三个月的山东清丈工作终于圆满结束。
统计结果出来后，整个大明朝堂都为之震动。
山东的在册土地，从清丈前的65万顷，飙升至95万顷，足足多清查出25万顷土地！
其中，藩王隐匿的田产8万顷，官绅豪强隐匿的田产10万顷，抛荒与逃亡地、
屯田流失等其他土地7万顷。
这25万顷土地，按照明朝的赋税标准，每年可为朝廷增加田税50万两白银。
这笔收入，对于正在推行新政
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