墙上的倭兵见明军突破豁口，纷纷扔下滚石、檑木，试图阻挡明军前进，可明军士兵早有准备，举起盾牌护住头顶，继续奋勇向前。
攀爬云梯的明军士兵也遇到了顽强抵抗，城墙上的倭兵不断用刀砍断云梯，或者向下投掷石块、火把。
一名明军士兵刚爬上云梯顶端，便被一名倭国武士挥刀砍中手臂，他强忍剧痛，反手一刀劈中武士的肩膀，将其斩落城下，自己则顺势登上城墙，挥舞著弯刀清理城墙上的残敌。
山后的迁回部队也与倭兵的后卫部队遭遇，明军士兵凭借火统的优势，先一轮射击便放倒数十名倭兵，随后发起冲锋，很快便击溃了后卫部队，彻底切断了倭兵的退路。
激战持续了三个时辰，山城中的倭兵渐渐抵挡不住明军的猛攻。
他们的伤亡越来越大，弹药也消耗殆尽，不少士兵开始丢弃武器，跪地投降。
但仍有数百名顽固的武士与足轻退守到山城深处的本丸（主城堡），负隅顽抗。
「放火烧城！」
毛文龙见倭兵退守本丸，当即下令。
明军士兵将火把投向本丸的木质建筑，火势迅速蔓延，浓烟滚滚，呛得里面的倭兵难以呼吸。
本丸的大门被火炮轰开，明军士兵一拥而入，与顽抗的倭兵展开最后的厮杀。
倭兵统领手持武士刀，疯狂地砍杀著明军士兵，身上早已被鲜血浸透。
一名明军百户见状，手持长刀上前迎战，两人刀光剑影，激战数十回合。
最终，明军百户找准破绽，一刀劈中倭兵统领的腰腹，将其斩杀于地。
随著统领战死，最后的顽抗也宣告终结。
山城中的倭兵要么被斩杀，要么跪地投降。
明军士兵清理战场时发现，此次攻城战，共歼灭倭兵六百余人，俘虏五百余人，其中包括多名萨摩藩的下级武士与奉行随从。
而明军也付出了伤亡两百余人的代价，琉球青壮伤亡百余人。
毛文龙踏入残破的本丸，望著满地的尸体与废墟，脸上露出一丝凝重。
他转身下令：「将俘虏全部戴上镣铐，与此前的倭俘汇合，一同送往台湾挖矿、种番薯！
安抚岛上的琉球百姓，清查琉奸余孽，彻底肃清萨摩藩在琉球的残余势力！」
「遵命！」将士们齐声领命。
此时，
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