冒、贪腐渎职、训练废弛等突出问题，朝廷成立专项督查组，由司礼监、户部、兵部、锦衣卫联合开展清查整顿工作。
现将有关情况通告如下：
本次行动采取“四不两直”方式（不发通知、不打招呼、不听汇报、不用陪同接待，直奔基层、直插现场），通过突击校阅、账目核查、兵员核验等手段，全面清查四卫营编制、军备及军饷发放情况。
共查处虚报兵额8300余人，追缴赃银42万两，问责军官217人，其中重罪处决112人，轻罪流放辽东充军105人。
最后各部门表示，四卫营问题暴露出京营管理体制僵化、监督机制缺失等深层次矛盾，他们将对问题进行彻底的整改，并且举一反三，杜绝此次事件再度发生。
当然，清查四卫营的时候，也并非是一帆风顺。
离皇城越远，挣扎便越激烈。
西苑，戚金只杀了一人。
皇城西安门，魏朝杀了数十人，一个千户、好几个百户。
通州张家湾，黄骅与惠安伯张庆臻烧了战船三艘，杀了水陆兵百人，军官十多人。
昌平天寿山，王体乾与成国公朱纯臣差点没完成清查，有一个千户率兵抗旨，最后是童仲揆及时出手，方才镇住了局面。
犯上作乱，作乱的千户所数百人，皆以谋逆罪下狱。
可见，触及到深层利益，只有手中有刀兵，方才能够让诏令施行。
否则，他这个皇帝的圣旨，有几个人会听？
为了彻底解决四卫营的问题，朱由校也是想尽一切办法。
他施行兵员实名制，推行“军户黄册”与“人脸画影”双核查，杜绝虚报冒领。
并让军饷直达，由户部、御马监通过内帑银库直发士卒，切断军官克扣链条，让御马监士卒知晓，是谁供养他们，不是头上的千户、百户，而是大明皇帝。
除此之外，还需要有训练考核，保证四卫营战斗力，每月由兵部、御马监联合校阅，不合格者一律革职充边。
如果这个政策能够保持几个月，都不需要有一年，四卫营必将成为一支忠于皇帝的强军。
并且，在整顿四卫营的时候，朱由校又抓到了许多人的把柄。
譬如外戚郑国泰（郑贵妃家族）强占四卫营士兵为其庄园劳作。
其子，正一品左都
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