元军从高丽合浦出兵至今，已在船上连续生活一个多月。盛夏的酷暑和生存环境的恶劣使得元军中开始蔓延传染病，已有两三千人病死。
在今津方面，企图登陆的元军也被驻防当地的萨摩、大隅等国的武士所阻止。
这时，同江南军的汇合期限将至，忻都等将领经过商议，决定撤回壹岐岛该岛是两路大军事先约定的会师地点。
虽然元军进展受阻，但是日军战败的流言却在日本内地流行开来。在京都，甚至传言“九州已经灭亡，不久就会攻打京都”。
东路大军在壹岐岛逗留一段时日之后，眼见与江南军约定的会合期限已过，该岛周围却仍然不见一只帆影。
忻都召集众将，进行了数轮磋商，寻求对策。
高丽籍大将洪荼丘认为形势不容乐观：“向约江南军与东路军六月望前会于壹岐。今南军不及期，我军先至，大战者数矣，船腐粮尽，将其奈何?”
此时，洪荼丘已生退意，只不过没有明说而已。但其他将领也拿不出好的主意，就连一向敢言的金方庆此时也不发一言。
十几天后，金方庆才说出了自己的明确意见：“我等奉旨备三月粮，今尚有一月之粮，不如先待江南军到，再合而攻之，必可破此岛夷”。
金方庆的建议遂成决议。东路军继续固守壹岐岛。
江南军本应在6月中旬前到达平户岛，与东路军会师，却迟迟不见踪影。
原来早在3月，就有日本船只顺风漂流至中国大陆，元朝方面令其水工画日本地图，并详细询问日本沿海地利，得知在太宰府西部附近有个名为平户的小岛，周围皆水，是一处天然的港口，且防备薄弱。
元朝征东行省得知这个消息后，便临时更改了作战计划，决定把东、南两军的会师地点改在平户岛。因为太宰府才是此次东征军所要攻占的战略要地，平户岛近水楼台，元军可绕过对马等岛屿，直接实施“越岛作战”。
忽必烈对这个改动方案表示认可。于是江南军方面便派出了一支六十艘船的先遣队赴日，意在向东路军通报作战方案变更之事。但是江南军先遣船队却因航道生疏，没有如期到达壹岐岛。
另外，事先安排元军总指挥阿剌罕与江南军同时出征，但阿剌罕却因年纪老迈
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