去世时，为躲避牵连，萧敬主动请求干宦官谁也不愿干的事——到裕陵司香。
弘治初年，萧敬还是免不了屡次受到朝臣弹劾。但明孝宗庇护他，为他开脱，曾对刘大夏说：“萧敬是我的顾问，但我一直都没有给他权力。”弘治三年，司礼监出了空缺，大家都认为萧敬是最老成、最有经验的人，于是起用他为司礼监太监，参与一些重大的军政问题。他为人谨慎，熟悉典故，每当皇帝询问什么事，他都了如指掌，能按规章制度给予清楚的、详细的回答，而且常有正言规谏，所以孝宗很重视他，多次命他负责安排冠、婚、丧、祭等多种重大的典礼，检阅团营兵马。受命会同刑部、都察院、大理寺审讯重大案件时，他审问得仔细，判得很恰当。
当时张皇后的弟弟寿宁侯张鹤龄，建昌伯张延龄，都借着帝后的宠爱，纵容家奴违法乱纪，科敛钱财，被朝廷内外许多官员弹劾，但孝宗都不予追究。可是，当案子落到萧敬手里时，他按照法律作了判处，不稍宽贷，这使得大家对他都很信服。
弘治十八年，孝宗病危，把太子托付给萧敬，这就是后来的明武宗。正德初年，萧敬请假回私宅。正德七年，武宗起用他为司礼监掌印太监，赐给他绣着坐蟒的袍子，准许在宫中乘小轿出入。这时他已经七十四岁了，但对时事仍然能常常提出好的意见。正德十二年至十四年，武宗经常打着“巡视”的幌子，到外地游荡作乐，萧敬和一些宦官、朝臣极力劝谏，都无法制止。
武宗让他留守京师，京师内外的人都重视他，依靠他。但是，由于他曾和宁王朱宸濠有交往，所以朱宸濠谋反失败后，武宗虽然因为萧敬年老，不予逮捕，但仍罚了他的钱，并把他罢免.正德十六年，武宗病逝，无子，由藩王朱厚入承帝位，就是明世宗。世宗因为萧敬德高望重，又熟悉宫廷各种事务和礼制，所以特地诏令他入宫，管理机务。世宗到南北郊祭祀，逢年、节、四时用酒食祭拜太庙，视察国子监，耕籍田的时候，都由萧敬侍从。
这时萧敬已经是八十五岁高龄了，但仍然头脑清楚，精力充沛，在宫中进退周旋，行步不差尺寸。但是弹劾萧敬的官员亦不少，如张原在《请逐太监萧敬疏
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