北逃入蒙古，成为蒙古一位酋长的部下，为“反明复元”的大业出谋划策、鞠躬尽瘁。当蒙、明两国朝讲和，这些白莲教众们就被当做礼物送给了明朝，而明朝对这帮“反骨仔”也不客气，将他们全部杀死示众。
到了清朝，数百年前还在“反明复元”的白莲教又再一次转换了立场，开始“反清复明”的大业，虽然遭到清朝官方的多次暴力镇压，但仍一直壮大。到了嘉庆年间，白莲教大起义席卷了四川、陕西、河南和湖北，历时9年，是清代中期规模最大的一次农民战争。
这场战争，耗费了清政府大量人力物力，之后清朝正式开始走向衰落，所以，白莲教也算是间接达到了目的吧。