守基隆河以南，基隆河北之地都被法军占领。两军隔河对峙。
此后，法军还在基隆河北岸一带与台湾军民展开过长时间的激战，也没讨到任何便宜。在侵略者的史书中，有关这几次战斗的结果，他们写道：“只留下一个纪念，就是在港湾的里面，有一座巨大凄惨的坟场，为21位军官或副官，500余士兵或水手长眠之所。”罗亚尔：《中法海战》，见《中国近代史资料丛刊》·《中法战争》第3册，新知识出版社，1956年。
法军在台湾无法立足，于二月十三日(3月29日)转攻澎湖。澎湖的守军力量较为薄弱，法国军舰向守军进行炮击，守军的炮火无法打中敌舰，而敌舰的炮弹却毁坏了岸上的炮台和营房，守军只得撤退，法军占领了澎湖岛。但此时法军中疫病流行，大批士兵莫名其妙地死去，连主将孤拔也未能幸免。
与此同时，法军在越南北部遭到惨败，中国军队取得了镇南关——谅山大捷，在大陆战场占有了极其有利的地位。在这种情况下，清政府决定“乘胜即收”，于光绪十一年二月十九日(1885年4月4日)与法国签订停战协定。清政府之所以急于停战讲和，就是担心台湾被法国占据。中法停战协定规定，停战以后，法国应当解除对台湾的封锁。四月二十七日(6月9日)，中法双方在天津签订《中法合订越南条约》，条约规定，中国承认越南为法国的保护国，开放蒙自、龙州两地与法国通商，法军撤出基隆、澎湖。根据条约规定，五月九日(6月21日)，法军从基隆撤走。六月十一日(7月22日)，法军撤出澎湖。
总结
在刘铭传的领导下，台湾军民同仇敌忾，终于在光绪十一年(1885)五六月间挫败法军占领台湾的阴谋，保卫了祖国宝岛台湾。刘铭传成为晚清第一个挫败侵略者，使民族自尊得到张扬的民族英雄，也是继郑成功之后为保卫祖国神圣领土台湾而英勇抗击外国侵略的杰出爱国将领。
台湾军民在10个月的台湾保卫战中，消灭了法国侵略军大量的有生力量，把法国侵略者的海军主力拖在台湾海面，有力地支援了中法战争的其他战场，打乱了侵略者进一步侵略中国内地的战争部署
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