此，威尼斯人另一方面，又害怕和希腊人过多接触，担心自己人被他们给同化了。
出于这种担忧，威尼斯人选择了完全的种族隔离。威尼斯军事殖民者大多聚集在几个大城市里，除此之外，也都驻扎在一系列军事要塞，鲜少外出。法律也严格限制威尼斯人和希腊人的通婚，禁止东正教教士随意出入。殖民当局反复向大家陈述东方文化的腐朽和异端性质，要求大家保持自己的文化，不要迷恋充满神秘主义的东方信仰，以免被希腊人腐蚀，丧失了武德。
当地希腊人也进行过多次反抗。他们甚至打出过恢复罗马的旗号，并且得到了尼西亚帝国和教会的支持。东正教会把岛民的反抗，定性为神圣的战争，尼西亚帝国也派出了援军，一度收复了大部分岛屿。但是，关键时刻，岛上的希腊豪族却为了分赃开始内讧。一些人甚至主动投靠威尼斯，以保全更多利益。尼西亚王朝被巴列奥略家族篡夺之后，后续的支援也不复存在。岛上希腊人组织的反抗，就此沉寂下来。
然而，此后，克里特又爆发了土生威尼斯人组织的大叛乱。对威尼斯统治造成的危害，完全不逊于之前的希腊人起义。
原来，尽管有重重限制，但因为希腊人的反抗太激烈，殖民当局还是被迫放开了一些口子，以求拉拢中上层的希腊人，允许他们加入统治阶层，乃至获得采邑。而迁徙来的威尼斯人，即使被这么严厉地约束，还是很快希腊化了。他们学会了当地语言，甚至开始模仿希腊式的装扮，用希腊语进行文学创作。在这边的艺术家，也开辟出了新的绘画风格。和本土威尼斯人，还是有了文化上的差别。
更严重的是，本土威尼斯也鄙视这些土生威尼斯人，把他们当做二等公民。这种现象，也算是所有殖民地区的老问题，根本没法解决。当地威尼斯人自然对此不满。
1363年的时候，岛上的威尼斯人了解到，本土元老院准备对克里特殖民地加征一种税收，用来维护港口。大家对此十分抗拒，于是找到公爵，要求他进行抗诉。然而公爵拒绝了这个要求，最终引爆了愤怒的情绪。
本土威尼斯人立刻联合了希腊人，进行武装叛乱，以当地希腊人崇拜的圣人、圣提多作为自己
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