例如书院教师由官府任命，招生、考试等由官府主导，书院经费由官府提供。
也就是从元朝开始，程朱理学成为了国家正统思想，而各大书院的讲学内容也基本就是程朱理学了，从此书院就开始失去了“百家争鸣”的特征了。
所以元朝时期，书院是为朝廷服务，自然不存在太多问题。
而到了明朝情况变化很大，特别是两大著名的心学讲学者，分别是湛若水和王阳明。
也正是因为他们的推广，致使私人讲学之风兴起，书院突然进入中兴期，并很快进入快速发展轨道，步入辉煌期。
陆王心学始终不是明朝官方的学问，湛若水、王阳明等大肆讲学，宣传心学，这必然会遭到程朱理学的攻击，同时也会遭到官府的打压。
明朝第一次毁灭书院是1537年，当时有御史游居敬疏斥南京吏部尚书湛若水“倡其邪学，广收无赖，私创书院”，于是嘉靖皇帝下令毁掉湛若水创办的所有书院。
第二次是1538年，礼部尚书许讃认为官学颓废，而书院则“聚生徒，供亿科扰”，因此建议毁灭书院。
嘉靖帝听闻后，“即命内外严加禁约，毁其书院”，“甲毁天下书院”。
不过此时执政的首辅严嵩虽然也恶书院，特别是里面尽是抨击他们父子专权和贪腐之事，但也知道厉害，所以很大程度是把权利下放地方处置。
于是，地方上自然想方设法维护，把书院保护起来。
实际上，嘉靖晚期严嵩倒台后，徐阶、张居正积极参与书院讲学，未尝没有显示和严党政策对立的意思。
只不过，毕竟讲学的多是士林中人，书生意气，根本就拿不出什么治国安邦的好措施，多是空谈误国。
而张居正这次，则是在动真格的，还是真正要关闭，拆毁私人书院。
而此时山西金阳城里，一群官兵和差役已经把城中晋阳书院团团围住。
“冲进去，把里面所有人都驱逐出来，强行关闭书院。”
随着领头的青袍官员下令，大队官兵直接闯入晋阳书院中，将书院里的教授、士子全部强行拖拽出来。
随即，书院大门被官府用封条封住，一队队官兵从侧门进入其中，开始拆毁里面的屋舍。
春秋末，赵筒子家臣董安于筑晋阳城，晋阳
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