第三新东京，被送到了一所寄宿制学校之中，在这所学校之中进行学习同时也受到监视和保护。
虽然离开了第三新东京市地下的特殊研究机构，但碇真嗣依旧牢牢的记住了那一天看到的一切：“父亲一定有什么事情瞒着我，母亲究竟去了哪里？那天究竟发生了什么？我要将这一切都搞清楚。”
而下定了决心，又解开了基因锁的强者，行动力是非常夸张的，寄宿制学校的班主任惊愕的发现，新来的转学生竟然是一个超级勤奋好学的家伙，只是小学二年级，就把整个小学全部的课程用了一周时间打包全都学完了。
而这也意味着碇真嗣基本掌握了读写能力，记忆中那些文件上面写的内容他已经可以看懂，可惜他能看到的都只有文件中的第一页，只能大致看出来，正在进行的是一场同步测试实验，参与实验的分别是他的母亲和名为初号机的巨大机体。
除此之外，他能够理解的还有一部分关于初号机的情报，那是人类为了对抗某种巨型生物而打造出来的巨型战争兵器，需要有驾驶员进行操控才可以参与到战斗之中，而驾驶员对这种巨型兵器的操控效率，很大程度的就取决于同步率。隰
小学课程中的内容大概也只够他看懂这些，那设备上复杂的图表，众多不断变化着的参数都不是他现在的学识能够解释的。
于是碇真嗣开始搜集更多的书籍，分析那些图表之中图案所代表的意义。
而很快他就认出了里面一个相当具有标志性的图案，那就是DNA的双螺旋结构，测试同步率的显示器上，就有这样的图案标志。
“不对劲，那台巨大的机甲好像并不是机械体，不然的话，为什么要用这样的标志？”
碇真嗣开始了查询实验室之中其他的标志，然后惊讶地发现其中除了一些基础的物理符号之外，竟然还有许多神学方面的标志性图案和文字。
“难道说神话是真实存在的？初号机和神话有什么关系？”这部分的理论是最难搞懂的，碇真嗣暂时将这些只能猜测的东西搁置在一边，而是尽可能的理解实验室之中其他设备上的图像代表的意义。
而这就需要相当高深的知识了，即便是这
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