人又多次梦见自己负着太阳而行，于是再也没有想打掉胎儿的念头。
光和四年（181年）三月一日，王美人生下刘协。何皇后于是派人鸩杀王美人。（《续汉书》记载，三月八日，王美人口渴喝下米粥，之后去世。《汉献帝春秋》则记载刘协出生十多日后，何皇后妒杀王美人。）灵帝勃然大怒，意欲将何皇后废黜。宦官们一齐为何皇后求情，灵帝才放过了何皇后。
刘协这时尚未足月，归入掖庭，暴室啬夫朱直拥养，独择乳母。一年多后，灵帝之母董太后亲自抚养刘协。灵帝因为觉得这个儿子很像自己，取名为“协”。自此，刘协就依董氏为外家，被称为“董侯”。刘协三岁，灵帝怜悯他年幼失去母亲，又思念王美人，于是作《追德赋》《令仪颂》来寄托哀思。刘协八岁时，能读诗书。
汉灵帝数失皇子，他的儿子只剩下何皇后所生的皇子刘辩与王美人所生的刘协。刘辩从小寄养在民间一位姓史的道人家里，比刘协年长。群臣曾上表请灵帝立太子，灵帝认为刘辩举止轻浮，没有威仪，不可以作为人主，但其母何皇后得宠，何皇后的哥哥大将军何进又位高权重，因此犹豫不决，一直未立太子。刘协自小在永乐宫长大，由董太后悉心抚养，董太后多次劝灵帝立刘协为太子，何皇后也因此记恨董太后。