官也只是挂个虚名，真正的权利在六部尚书手中！”思前想后，刘辩决定采取折衷的办法。
“这样一来，三公肯定不会反对了，可是九卿改成六部，至少得有三卿落空，这会不会那些落空的三卿产生消极情绪？”刘辩在心中反复的推敲。
思前想后，经过了几天的考虑，刘辩定下了最终的方案：“索性改成三公九部好了，在原先的六部上额外增加一个农部、学部、医部，这样就可以了！”
拿定主意后，刘辩大笔一挥，在御纸上写下了自己的改制方案：三公不变，仍为太尉、司徒、司空，品衔为正一品，享年俸万石。当然，这里的万石并不是真的给一万石，而是俸禄的一种级别名称，真正的数目是年俸四千二百石。
三公下设九部尚书，分别为四正部：
礼部——掌国家礼仪、祭祀、国宴膳司、皇帝登基、皇后、嫔妃册封，太子册封等仪式，并负责全国性的选秀才、举孝廉。
兵部——掌国家军事，征募新兵，制定军事战略，推荐武将人选，考察武将战绩。当然，真正的军权还是掌控在手握将符的各大武将手中，严格来说，兵部更像是参谋部。
吏部——掌全国官员的考核任免，升降、调动。当然，所能考核的最高也就是能到郡守、国相一级，对刺史、州牧这样的封疆大吏是无权过问的。
户部——掌全国赋税、钱粮、国库、粮仓。
此四部为正四部，主官称作尚书，全部为正二品，享受中两千石的俸禄，每年下来可领到两千一百六十石的薪俸。
四部尚书下设两名副手，分为左右侍郎，全部为正三品，享比两千石俸禄，每年可领俸禄一千二百石。侍郎下面设置员外郎四人，品级为正四品，享受比千石俸禄，每年可领九百六十石。
除了以上的“四正部”之外，另外设置“五从部”，分别为以下各部：
工部——掌全国工程、宫苑宗庙建设、山泽、屯田、水利、交通。
刑部——掌全国司法、诉讼、刑案。
农部——掌管全国的土地分配，粮食耕种，提高粮食产量。
学部——负责在全国推行知识教育，建立学堂，掌管学子的举荐，并负责筹建全国最高等级的太学院。
医部——负责培养医匠、郎中，在全国范围内建立各个级别的医院，控制
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