镖竹村找到了V，想要将他作为{凶手}带回去。
但身为真凶的荒坂赖宣自然不会允许真相被发现，竹村和主角很快就遭到了围剿——一场飙车战后，两人活着爬到了义体医生那里，勉强挣下了一条命。
听V说完那段模糊的不属于他的记忆后，义体医生明白了什么：【那个芯片上有某个人的人格意识体，而你梦到的，是他的过去。】
在V被枪击大脑时，芯片捞了他一把，但同时芯片里储存的意识也和他自己的意识混为一体、无法分离——强尼·银手会逐渐占据上风，而且这个过程是不可逆的。
半夜，强尼·银手第一次在V的意识中醒来，险些将V认成荒坂派来抓他的实验体，两人在意识中纠缠一番后，强尼·银手主动表示自己没有侵占V身体的意思，并给了他一个自己认为可能会帮助他们摆脱这种危险现状的黑客的名字……至此，游戏的主线转变为了如何将粘合的意识分开，完成自救。
……
柯南舒了口气，抬起手伸了个懒腰：“不得不说黑客路线还真是爽……这种随时随地黑掉监控摄像头和各个设备里的资料的场景，不会就是折原凌的日常吧？”
【叮铃铃——】
电话铃声响起，柯南拿过手机一看，发现是自己的高中同学打给{工藤新一}的——于是他拉下变声蝴蝶结：【莫西莫西……是的，工藤……修学旅行？我不知道有没有空去……清水寺？这……】
——清水寺，不是自己和小兰告白的地方吗？这样的话……