自从即位秦王以来，赵正一不立后妃，二不立太子，百千后宫，数十子女在秦律下都是无职无权无禄的平民。哪怕一统天下，拥有四海，皇帝的家人也没有从国家领俸禄，一应开支都是由少府支付。谁也不知道皇帝这么做的意图是什么。淳于越的建议似乎是从皇帝的角度为他考虑。皇帝将淳于越的建议下发群臣廷议，似乎有采纳的意思，但不好明说。
但丞相李斯写下了长篇大论，道：“陛下创大业，建万世之功，固非愚儒所知。今天下已定，法令出一，百姓当家则力农工，士则学法辟禁。今诸生不师今而学古，以非当世，惑乱黔首。丞相臣斯昧死言：古者天下散乱，莫之能一，是以诸侯并作，语皆道古以害今，饰虚言以乱实，人善其所私学，以非上之所建立。今皇帝并有天下，别黑白而定一尊。私学而相与非法教，人闻令下，则各以其学议之。如此弗禁，则主势降乎上，党与成乎下。臣请史官非秦记皆烧之。非博士官所职，天下敢有藏诗、书、百家语者，悉诣守、尉杂烧之。有敢偶语诗书者弃市。以古非今者族。吏见知不举者与同罪。令下三十日不烧，黥为城旦。所不去者，医药卜筮种树之书。若欲有学法令，以吏为师。”
李斯所言，与商鞅的观点相符：皇帝诏令一下，群臣只有执行的分，不得妄议，更不能臧否；每人一套理论，议论现实，说是说非，这就是非法！他建议皇帝将历代的诗书百家，尽皆焚毁，只有专门的博士可以保留；历史书也只许保留秦国一国的记载，其他诸侯国的史书也一并焚毁。
这一建议被皇帝批准，并通过诏令下达。各郡县雷厉风行，有街衢、闹市、城门张开榜文，宣布焚书。榜文公布之日，一批批家藏的书籍被聚集到官府，城外的广场上，天天燃起大火，将这些竹、帛、木牍烧为灰烬。
焚书令的下达，真实被消灭的倒不是书籍本身，这些烧掉的书多数不过是转抄而来的自用抄本，烧掉也就烧掉了，在博士那里还有正本呢；真正被毁的，其实是学术传承！书必须有人阅读，有人研究、注解，才能焕发生命，否则书籍就是一堆在角落吃灰的竹帛。将民间的抄本烧掉，哪怕是烧而不尽，对学术传承而言也是一次致命
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