往东部的驰道也修筑完成，秦始皇于二十八年春开始东巡，他东巡的第一站是邹城旁边的峄山。
峄山虽然不高，但却是座神山，鲁国的镇国之山就是峄山。而鲁国是周公所封之国。秦始皇登临峄山，与鲁国的儒生共议封禅之礼——对于神明之事，秦始皇也不敢自作主张。只有依礼而祭，才能得到神的护祐。
秦始皇应该是从鲁儒那里学到封禅之礼，他登上泰山，在山顶立下刻石（泰山刻石），封，祠祀。下山时，风雨暴至，秦始皇一行在一棵大树下避雨，这棵大树也因为这“护驾之功”被封为五大夫。随后他又封禅了梁父山。梁父山是泰山脚下的一座小山，长期被认为是泰山的配山，封泰山一定要禅梁父。
回到峄山后，群臣一起称颂皇帝的功德，他们将这一盛举刻成了一通石碑，由李斯亲自用秦国的标准文字小篆书写。这就是著名的峄山刻石。
不知道是不是鲁国儒生的建议，封禅了泰山后，秦始皇并没有返回，而是继续东行，直到“陆地的尽头”穷成山，以及北面的罘山。这样秦始皇完成了自己的巡狩的目标：一直走到国土的最东头。
随后，秦始皇一行南行到琅琊。数百年前，越王勾践曾经迁都琅琊，于国内筑高台以观东海。秦始皇到了琅琊后，竟然乐而忘归，一连在此逗留了三个月，还向这里迁移了三万户居民，免除他们十二年的赋税，让他们专心开发这片风水宝地。群臣又在琅琊立了刻石，是为著名的琅琊刻石。
在琅琊，当地人徐市告诉秦始皇，海中有三座神山，蓬莱、方丈、瀛洲，上有仙人居住。徐市请求秦始皇资助自己，前往海外求仙。秦始皇同意了。于是徐市斋戒多日后，带着一群青年男女登上海船，入海求仙人。